华灯初上，新宿的某条小巷里，食堂老板(小林熏 饰)的一天才正要开始。菜单上只有一道菜和三样酒，但请随意点菜，条件若允许就可以料理。营业时间是晚上十二点到早上七点左右，大家都称这里作「深夜食堂」。
　　听说男人都抗拒不了穿丧服的寡妇，在出版社担任编辑的范子(河井青叶 饰)，却有个奇怪的癖好：穿着丧服、大吃烧肉定食来舒压。没想到却在参加真正的丧礼时，对一面之缘的男子产生好感，她能就此逢凶化吉迎接幸福吗？明明身为荞麦面店第二代传人的清太(池松壮亮 饰)，却更喜欢吃炒乌龙。不想成为妈宝，白天作着简单的面店外送工作，不得已周旋在母亲与比自己大十岁的女友之间；接到儿子需要钱救急的电话，从九州乡下匆匆赶来东京的夕起子(渡边美佐子 饰)，来到深夜食堂点了唯一出现在菜单上的猪肉味噌汤，当她诉说着自己的遭遇，本人虽然毫无自觉，但周遭常客却都想着「被诈骗了吧」，私下为她担心着。
　　新年即将来临，这一夜大家齐聚在深夜食堂，把烦恼一口口吃下肚，无论心中有着什么样烦恼的人，总能在享用老板的美食后获得重新出发的力量…