《苍之彼方的四重奏》的故事设定在一个人类可以自由自在地翱翔于天际，甚至比骑自行车还要简单的普通世界。在那里，流行着一种名为飞翔马戏团(Flying Circus)的运动，而曾被视为该项运动的未来之星、被寄予厚望的天才少年日向晶也，因为某一次压倒性的败北，而选择默默地离开了空中竞技的赛场。但是，在他与突然转校而来的仓科明日香邂逅以后，他的心中又重新燃起了炙热的感觉，于是一场关于努力挥洒热血、释放青春汗水的恋爱物语就此开启了…