《热血高校3》的故事从前两部的主角泷谷源治从铃兰毕业1个月后开始，描写了转校生镝木在校内争夺铃兰最强者，同时，还要与邻校黑咲工业高校对抗。 
　　故事发生在《热血高校2》一个月之后，谱写了最强传奇的泷谷源治、芹泽多摩雄等人相继毕业，不良少年大本营铃兰高中迎来了新的学年。然而和平永远和这所高中无关，铃兰最顶点的王者宝座依然空缺，新一届三年级们蠢蠢欲动，朝着顶点做最后的冲击。 
　　在这群人中，强罗彻（柳乐悠弥 饰）的名字赫然在列，他也是最接近铃兰顶点的可怕男人。除此之外，将强罗彻视为最大竞争对手的高木哲次（Kenzo 饰）、实力和头脑俱佳的小岐须健一（胜地凉 饰）、由七森工业转来的恶狼独行男山下甲兵（Elly 饰）等都是这一届叱咤风云的人物，当然更少不了保持不败纪录的传奇人物林田惠（深水元基 饰）。 
　　当铃兰战火一触即发之际，两个男人的加入无疑让战局愈加波谲云诡，难以预测。他们是以一人之力干掉焚八商业四天王而被流放到铃兰的镝木旋风雄（东出昌大 饰），以及生性好斗、酷爱惹是生非的一年级生加贺美辽平（早乙女太一 饰）。喜好自由的旋风雄虽然对王者之争没有任何兴趣，但他和加贺美从一对视的刹那间便将对方锁定为自己的宿敌。所有强者齐齐上阵，铃兰史上最为凶残的内部战争拉开帷幕。 
　　战火还远远不止于此，铃兰之外的世界同样狼烟四起。统领黑咲工业高中的柴田浩树（岩田刚典 饰）面临恐怖复仇者的挑战。曾经和他对决败北的黑咲二号人物藤原一（永山绚斗 饰）走出看守所，与暴走族ODA的老大织田政志（柳俊太郎 饰）沆瀣一气，接二连三袭击铃兰的学生。其真正目的是为了挑起黑咲和铃兰两校之间的战火，他则可以趁机摧毁这两所不良大本营。未过多久，加贺美和藤原相互勾结，其势力迅速壮大。 
　　铃兰空前的危机，激烈浩大的攻防战即将爆发……