转眼间已经是1979年，第二代教父麦克•柯里昂（阿尔•帕西诺 饰）到了垂暮之年，为了灵魂的救赎，麦克慢慢结束家族的黑道事业，转投正当生意。 
　　麦克的儿子托尼酷爱艺术，无意接手家族事业，迈克尔决定让大哥逊尼的私生子，火爆好色的文森（安迪•加西亚 饰）继承家业，当第三代教父。麦克的爱女玛丽（索菲娅•科波拉 饰）和文森相恋，遭到父亲的反对，父女渐渐疏远。 
　　为了使家族资产合法化，麦克通过在梵蒂冈教廷的关系网，准备投资“屹立”集团，却遭到敌人的暗中阻挠，教皇的去世也让事情更加扑朔迷离。 
　　麦克无奈之下，只能重新选择用暴力解决问题，他的亲人也被卷入了这场血雨腥风。